Tekening van het interieur van de universiteitsbibliotheek van Franeker. Deze afbeelding staat in de bibliotheekcatalogus van 1713. De collectie middeleeuwse handschriften in het Fries letterkundig en historische centrum Tresoar in Leeuwarden zijn voor een groot deel afkomstig uit de Franeker Universiteitsbibliotheek. De bibliotheek van de universiteit, gesticht in 1585, diende als consultatiecollectie voor de professoren. Studenten hadden slechts bij uitzondering toegang tot deze bibliotheek, waar de boeken waren vastgemaakt met een ketting om ze te beschermen tegen diefstal. Desondanks kreeg een student het voor elkaar om maar liefst honderd boeken uit de universiteitsbibliotheek te ontvreemden. In 1648 stond hij terecht, samen met de professor die toezicht op de collectie had moeten houden.
Elf catalogi zijn bewaard gebleven uit de tweeënhalve eeuw van het bestaan van de Franeker universiteit. De eerste catalogus, uit 1601, maakt melding van driehonderd boeken, de laatste, die kort voor de sluiting van de universiteit in 1843 verscheen, van veertienduizend boeken. Deze bevinden zich nu vrijwel allemaal in Tresoar. De samenstelling van de huidige collectie reflecteert de herkomst uit de universiteitsbibliotheek en de oorspronkelijk verdeling over vier faculteiten: theologie, rechten, medicijnen en vrije kunsten.
